卓尼乃藏語“覺乃”之變音,是“兩棵馬尾松”的意思。1939年設(shè)卓尼設(shè)治局,1950年改置卓尼自治區(qū),1955年改為卓尼縣。
2021年,卓尼縣轄11鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng):柳林鎮(zhèn)、木耳鎮(zhèn)、扎古錄鎮(zhèn)、喀爾欽鎮(zhèn)、藏巴哇鎮(zhèn)、納浪鎮(zhèn)、尼巴鎮(zhèn)、完冒鎮(zhèn)、阿子灘鎮(zhèn)、申藏鎮(zhèn)、洮硯鎮(zhèn)、恰蓋鄉(xiāng)、康多鄉(xiāng)、勺哇鄉(xiāng)、刀告鄉(xiāng)。