卓尼縣轄5鎮(zhèn)、10個鄉(xiāng):柳林鎮(zhèn)、木耳鎮(zhèn)、扎古錄鎮(zhèn)、喀爾欽鎮(zhèn)、藏巴哇鎮(zhèn)、納浪鄉(xiāng)、刀告鄉(xiāng)、尼巴鄉(xiāng)、完冒鄉(xiāng)、阿子灘鄉(xiāng)、申藏鄉(xiāng)、恰蓋鄉(xiāng)、康多鄉(xiāng)、勺哇鄉(xiāng)、洮硯鄉(xiāng)。
卓尼,系藏語,意為松樹。1939年設(shè)卓尼設(shè)治局,1950年改置卓尼自治區(qū),1955年改為卓尼縣。
2000年,卓尼縣轄1個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)、1個民族鄉(xiāng):柳林鎮(zhèn)、木耳鄉(xiāng)、納浪鄉(xiāng)、洮硯鄉(xiāng)、藏巴哇鄉(xiāng)、柏林鄉(xiāng)、卡車鄉(xiāng)、大族鄉(xiāng)、申藏鄉(xiāng)、恰蓋鄉(xiāng)、康多鄉(xiāng)、阿子灘鄉(xiāng)、完冒鄉(xiāng)、扎古錄鄉(xiāng)、刀告鄉(xiāng)、尼巴鄉(xiāng)、勺哇土族鄉(xiāng)。